Ein Kirchenkreis ist der Zusammenschluss mehrerer evangelischer Kirchengemeinden einer Region. Er ist die mittlere Ebene der Leitung der Landeskirche und damit das Bindeglied zwischen den Ortsgemeinden als Basis und der Landessynode bzw. dem Landeskirchenamt als den Leitungsorganen der Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland.
Der Kirchenkreis Mühlhausen ist ein Kirchenkreis in der Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland und wurde aus den Altkreisen Eichsfeld, Mühlhausen und Bad Langensalza gebildet. Er reicht von der Landesgrenze zu Niedersachsen im Norden bis zum Nationalpark Hainich im Süden. Im Westen hört er an der Landesgrenze zu Hessen auf, im Osten reicht er bis zum Kirchenkreis Sömmerda.
Bis zum Jahr 1999 gab es im Bereich des heutigen Kirchenkreises drei eigenständige Kirchenkreise: Heiligenstadt, Mühlhausen und Bad Langensalza. Mitte der 90er Jahre zwang die wirtschaftliche Situation die damalige Kirchenprovinz Sachsen zu einer neuen Raumordnung der Kirchenkreise. In einem Schreiben des Landeskirchenamtes vom 22.12.1997 an die drei Kirchenkreise heißt es dazu:
"Die Grundsatzentscheidung der Kirchenleitung ... zur Weiterführung der Raumordnung der Kirchenkreise ... besteht darin, dass für die Größe der raumgeordneten Kirchenkreise möglichst die Richtzahl von mindestens 30.000 Gemeindeglieder erreicht und die Zahl der Kirchenkreise deutlich stärker reduziert werden soll als ursprünglich vorgesehen (Ziel: Reduzierung auf möglichst 17 Kirchenkreise). Bestimmend für die Grundsatzentscheidung der Kirchenleitung ist die Einschätzung, dass auf dem Hintergrund der finanziellen Entwicklung unserer Kirchenprovinz in der jüngsten Vergangenheit die Raumordnung der Kirchenkreise zu einer deutlicheren Vereinfachung unserer Verwaltungsstrukturen und zur Bildung von Kirchenkreisen führen muss, die für eine vorausschaubare Perspektive stabile Einheiten bleiben."
Mit nebenstehender Urkunde trat die Vereinigung der drei Kirchenkreise zu dem heutigen Kirchenkreis Mühlhausen mit Wirkung vom 1. Januar 1999 in Kraft.
